Plateforme
MicroScope : Bases de données pour l'annotation
de génomes bactériens
Labellisée RIO
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Présentation
Domaines
d'activité |
- Développement d’outils destinés à l’annotation et à l’analyse
comparative de génomes bactériens.
- Organisation et gestion des données génomiques et métaboliques
dans des structures de bases de données.
- Développement d’interfaces Web pour les outils et la plateforme
d’annotation MaGe (Magnifying Genomes).
- Formation à l’annotation de génomes bactériens et à MaGe.
- Annotation de génomes nouvellement séquencés et réannotation
de génomes bactériens publiés.
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(Format PDF - 89 Ko)
Fichier de Mars 2007
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Contacts
Laboratoire
d'accueil : Institut de Recherche
en Génomique
Directeur : Jean
Weissenbach
Tutelles du Laboratoire d'accueil
: CNRS/CEA
Responsables de la plateforme
: Claudine Médigue et David Vallenet
Coordonnées
:
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Pipeline d'annotation
automatique syntaxique et fonctionnelle.
-
Calcul des groupes de
gènes conservés (synténies) avec l'ensemble
des protéomes bactériens disponible dans les banques.
-
Base de données
relationnelles génomiques contenant les séquences
et les résultats des méthodes, et bases de données
métaboliques (mise en oeuvre des outils BioCyc de P.
Karp).
