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	Accès à la plate-forme Transcriptome du SGF


	Comité de pilotage Comment postuler ? Contact Modalités de fonctionnement Prix Bilan de l'activité Projets utilisant les puces à ADN (projets sur le transcriptome humain) Projets utilisant les puces à ADN (projets sur le transcriptome de la souris) Accompagnement scientifique Foire aux questions (FAQ)
	Comité de pilotage Un comité de pilotage définit les modalités de fonctionnement et la gestion scientifique de l'activité. Le comité de pilotage est composé de : - Christian Auclair (IGR, ENS) - Francis Galibert (CNRS) - Xavier Gidrol (SGF/CEA) - Claude Jacq (ENS), - Geneviève Piétu (SGF/CEA) - Jean-Paul Renard (INRA) - Fernando Arenzana (INSERM)
	Comment postuler ? Envoyer un document de 2-3 pages décrivant votre projet de recherche. Vous pouvez télécharger un modèle de présentation de projets (au format PDF) puis nous l'envoyer à Geneviève Piétu : pietu@cea.fr. Les modalités de sélection ne jugent pas la qualité scientifique du projet mais portent essentiellement sur l'adéquation entre la demande et l'intérêt de l'utilisation de la technologie des puces. La faisabilité du projet, l'expérience préalable d'utilisation de techniques similaires aux puces ainsi que l'environnement scientifique et matériel pour réaliser cette technologie sont également évalués.
	Contact Geneviève PIETU Tel : 01 60 87 34 92 E-mail : pietu@cea.fr
	Modalités de fonctionnement Les modalités de l'accès à la plate-forme transcriptome du SGF ont été définies lors de la première réunion du comité de pilotage le 28 mars 2001. - Fournitures de puces : cette étape est effectuée par le SGF qui effectue les contrôles-qualité nécessaires ; - Hybridation (préparation des ARNs, marquage, hybridation, lavages) : l'ensemble est réalisé dans le laboratoire de l'équipe demandeuse ; - Acquisition et analyse des images : ceci peut être effectué par le SGF pour les équipes ne disposant pas de scanner (Scanner : AXON) ; - Traitement des images : le traitement et l'analyse des images (détection des spots, détection du bruit de fond, normalisation) peuvent être réalisés par le SGF (logiciel d'analyse d'image : GENEPIX) pour les équipes ne disposant pas de logiciel d'analyse ; - Exploitation des résultats sur le plan biologique : si cela s'avère nécessaire, la validation des résultats obtenus sur la puce par une autre méthode (Northen, RT-PCR) sera réalisée par l'équipe demandeuse. L'exploitation des résultats et l'élaboration des conclusions sur le plan biologique reste à la charge de l'équipe demandeuse.
	Prix Le prix de revient actuel d'une puce (humaine ou souris) est estimé à 100 euros pour 5000 dépôts. Le prix de revient d'une lame à 11000 gènes est estimé à 140 euros. Ce prix comprend le coût de la PCR, de fabrication de la lame et des contrôles qualité. La lecture des lames et l'analyse d'image sont effectuées gracieusement par le SGF dans le cadre de ces collaborations.
	Bilan de l'activité Les différents projets scientifiques proposés au SGF ont été examinés par le comité de pilotage. A ce jour, 42 projets ont été retenus, 11 provenant d'équipes CNRS, 16 d'équipes INSERM et 3 d'autres organismes. Chaque équipe demandeuse reçoit les puces par série de 10 et un total de 750 puces a été fourni aux différentes équipes.
	Accompagnement scientifique Les protocoles de marquage de cibles en fluorescence ainsi que les protocoles d'hybridation et de lavages des lames et la liste des réactifs sont fournis à l'équipe demandeuse. Les fichiers Excel résultant de l'analyse du traitement des images effectué avec le logiciel Genepix, un rapport « contrôle-qualité » généré par le logiciel et l'image d'hybridation sont envoyés par mail à chaque équipe pour chaque expérience. Le fichier Excel contient le calcul des facteurs de modulation d'expression et nous avons rajouté à ce fichier le nom et la caractérisation des gènes présents sur la puce. Chaque équipe peut bénéficier d'un « accompagnement scientifique » portant sur des conseils pour l'exécution de ces protocoles ainsi que sur des discussions sur les difficultés ou les problèmes rencontrés. Pour chaque équipe, la qualité des ARN peut être testée au SGF sur le Bioanalyser Agilent. Chaque équipe qui le souhaite peut venir « voir » une expérience (marquage et hybridation, acquisition et analyse d'image) réalisée au SGF à partir des ses propres ARN. Après publication, les résultats obtenus par les différentes équipes seront intégrés dans la base de données publique du SGF. Ceci devrait permettre à terme de développer un réseau avec l'ensemble des équipes demandeuses ayant travaillé sur les mêmes puces mais avec du matériel biologique différent. Télécharger au format PDF : Modèle de présentation de projet Foire aux questions (FAQ)